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Lorsqu'une plante subit un stress, la photosynthèse est perturbée.
Or toutes les voies de désexcitation sont interdépendantes : si l'émission d'électrons est perturbée, la chaîne de transport détériorée, la dissipation d'énergie (chaleur ou fluorescence) augmente.
L'intensité de la fluorescence est donc directement liée par une relation inverse au rendement photochimique.
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Il est donc permis de considérer la fluorimétrie comme un indicateur précis de l'état de la première phase de la photosynthèse, à savoir le piégeage de la lumière, le transport de l'énergie d'excitation au niveau des chlorophylles et l'émission d'électrons par le PSII.
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Ces réactions étant sensibles aux conditions environnementales (stress nutritionnel), la moindre perturbation sera détectée par la
fluorimétrie.

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